##########################################################################################

library(dplyr)
library(data.table)
library(optparse)
#install.packages("MADAM", repos="http://R-Forge.R-project.org")
library(MADAM)

##########################################################################################

option_list <- list(
    make_option(c("--gistic_igc_file"), type = "character") ,
    make_option(c("--gistic_dgc_file"), type = "character") ,
    make_option(c("--out_path"), type = "character")
)

if(1!=1){
    


}

###########################################################################################

parseobj <- OptionParser(option_list=option_list, usage = "usage: Rscript %prog [options]")
opt <- parse_args(parseobj)
print(opt)

gistic_igc_file <- opt$gistic_igc_file
gistic_dgc_file <- opt$gistic_dgc_file
out_path <- opt$out_path

dir.create(out_path , recursive = T)
setwd(out_path)

###########################################################################################

igc <- read.delim(gistic_igc_file)
dgc <- read.delim(gistic_dgc_file)

###########################################################################################

igc$chr <- paste('chr', igc$Chromosome, sep='')
igc <- igc[,c('chr','Start','End','X.log10.q.value.','G.score','Type')]
dgc$chr <- paste('chr', dgc$Chromosome, sep='')
dgc <- dgc[,c('chr','Start','End','X.log10.q.value.','G.score','Type')]


write.table(igc, file='CIN_IGC_seg.bed',row.names=F,col.names=F,quote=F,sep='\t')
write.table(dgc, file='CIN_DGC_seg.bed',row.names=F,col.names=F,quote=F,sep='\t')

